提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(文图:赵筱尘 巫邓炎)
[责编:天天中]
阅读剩余全文()
视觉焦点
男警察卧底“美女窝”,被要求每天最少交十个男友
一眼千年!“穿越”古城正定:梦回红楼,情牵三国
推荐阅读
彩神平台乐事涨价:连薯片都要吃不起了?
2024-03-04
彩神平台哈登重提莱纳德遭勇士垫脚:大家知道发生了什么
2024-04-25
彩神平台NINE PERCENT合体来沪 现场对粉丝表白大送福利
2024-07-03
彩神平台 副部级官员被指严重破坏任职地政治生态,曾主政鄂尔多斯包头
2024-03-23
彩神平台拥有一双穆勒鞋 就拥有了整个初夏
2024-01-27
彩神平台中国男子冰壶队收获北京冬奥会两连胜
2024-03-14
彩神平台《POP/STAR》MV海外点击量超越S4主题曲
2024-01-27
彩神平台大家丨西南联大与梅贻琦日记
2024-04-19
彩神平台美国学者:中国依然是全球经济增长主要引擎
2023-11-03
彩神平台习近平在一带一路论坛开幕式上的演讲
2024-05-30
彩神平台女人,这5种婆婆千万不能嫁!
2024-05-22
彩神平台拉卡拉成功上市 雷军履约送创始人一千克金砖
2023-09-08
彩神平台报告:疫情致日本11万桩姻缘被耽误 少生21万个宝宝
2023-09-03
彩神平台 播种春天 线架田间地头
2023-10-29
彩神平台《X战警:黑凤凰》发角色海报 迎接落幕之战
2024-04-13
彩神平台法国多城后悔“冲动援助”圣母院 要撤销捐款承诺
2023-09-12
彩神平台马蓉谈离婚:事后王宝强说还爱我
2023-12-11
彩神平台王金平宣布访陆祭祖:共同血脉不因族群党派改变
2024-05-06
彩神平台 生母将新生儿弃在便坑,检察院支持起诉撤销其监护人资格
2024-06-30
彩神平台 常德杀害滴滴司机大学生被诊抑郁症 有限定刑事责任能力
2023-10-28
彩神平台圣保罗时装周男模摔倒当场猝死
2024-04-06
彩神平台名模吕燕发律师函指控影儿集团抄袭 反被扒也曾“抄大牌”
2023-09-13
彩神平台许志安,为什么背着郑秀文爱别人
2024-04-26
彩神平台《复联4》导演罗素兄弟po
2024-01-16
加载更多 彩神平台地图
|
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
| |
| | | |
|